Le groupe Human Rights Watch (HRW) et des militants égyptiens des droits de l'Homme ont affirmé que l'armée égyptienne avait arrêté et incarcéré des dizaines de manifestants depuis le début des manifestations contre le président Hosni Moubarak. D'après HRW, au moins 119 personnes - manifestants, militants des droits de l'Homme et journalistes - ont été arrêtées depuis que l'armée a été déployée dans les rues à la suite du retrait des forces de police. On ignore combien sont toujours en détention. Certaines de ces personnes auraient subi des mauvais traitements en détention.
L'armée a reçu l'ordre le 28 janvier de quitter ses casernes pour tenter de rétablir l'ordre. Elle a été bien accueillie par les contestataires, qui voyaient en elle une force neutre. Les militaires ont affirmé qu'ils ne tireraient pas sur les manifestants et les protégeraient contre les attaques des partisans du raïs. Mais ils ont aussi demandé la fin des rassemblements.