Le 22 septembre, le conseil fédéral d’EELV s’est prononcé contre la ratification du traité européen. Mauvaise nouvelle pour Cécile Duflot. Des voix à gauche s’élèvent déjà contre ces écolos de la majorité qui s’opposent à un texte gouvernemental. Daniel Cohn-Bendit, qui avait appelé ses "amis" à quitter le gouvernement si les parlementaires du mouvement ne votaient pas en faveur d’une ratification du traité, a suspendu sa participation à EELV. "Je ne démissionnerai ni du gouvernement ni d’EELV", confie la ministre à Paris Match, alors qu'elle était restée silencieuse jusqu'alors. Tout le week-end, elle a géré cette affaire en direct avec le président et son Premier ministre, qui l’emmènera mardi au congrès de l’Union sociale pour l’habitat.