Le tirage au sort n'a pas épargné l'AS Saint-Étienne. Les Verts, pourtant membres du chapeau 1 après être arrivés en tête de leur groupe, affronteront Manchester United en 16èmes de finale de Ligue Europa. Les retrouvailles entre les frères Pogba, Florentin le Stéphanois et Paul le Mancunien, auront lieu au mois de février avec un match aller à Old Trafford. Le match retour marquera le grand retour de Zlatan Ibrahimovic en France dans un match de clubs depuis qu'il a quitté le Paris-SG cet été.
Lyon face à Alkmaar. L'Olympique lyonnais, reversé de la Ligue des champions après avoir terminé 3ème de son groupe, a eu un peu plus de réussite et tombe sur un adversaire a priori plus abordable : le club néerlandais d'AZ Alkmaar, actuel cinquième du championnat des Pays-Bas. Les affiches les plus notables de ces 16èmes de finale sont : Anderlecht-Zénith Saint-Pétersbourg, Villarreal-AS Rome et Mönchengladbach-Fiorentina. La finale de cette Ligue Europa se déroulera le 24 mai 2017 à Stockholm.
Le tirage au sort des 16èmes de finale :
Athletic Bilbao (ESP) - Apoel Nicosie (CHY)
Legia Varsovie (POL) - Ajax Amsterdam (HOL)
Anderlecht (BEL) - Zénith Saint-Pétersbourg (RUS)
Astra Giurgiu (ROU) - Genk (BEL)
Manchester United (ENG) - Saint-Étienne (FRA)
Villarreal (ESP) - AS Rome (ITA)
Ludogorets (BUL) - Copenhague (DEN)
Celta Vigo (ESP) - Chakhtior Donetsk (UKR)
Olympiakos (GRE) - Osmanlispor (TUR)
La Gantoise (BEL) - Tottenham (ANG)
Rostov (RUS) - Sparta Prague (RTC)
Krasnodar (RUS) - Fenerbahçe (TUR)
Mönchengladbach (ALL) - Fiorentina (ITA)
AZ Alkmaar (HOL) - Lyon (FRA)
Hapoël Beer-Sheva (ISR) - Besiktas (TUR)
PAOK Salonique (GRE) - Schalke (ALL)