En 1958, quand le général de Gaulle revient au pouvoir, il estime le bilan de ces quatre années de violence à près de 90 000 morts. Les partisans de l’Algérie française ont tout fait pour que de Gaulle réintègre l’Elysée et son premier discours semble leur donner raison.
C’est le fameux "je vous ai compris", prononcé à Alger au mois de juin. Sa stratégie militaire reflète ce choix apparent. L’objectif est clair : vaincre le FLN. L’armée y mettra les moyens, avec jusqu’à 400 000 soldats français déployés sur le terrain et l’usage des tous les modes de répression, y compris la torture. La défaite sera politique. Au départ, de Gaulle imaginait un "Commonwealth" à la française mais le FLN refusera le "statut d’association" qui lui est proposé. Soucieux de s’extraire d’une guerre coloniale qui porte atteinte à l’image de la France, le Général finit par se résoudre à négocier l’indépendance de l’Algérie, qui sera signée à Evian en mars 1962.
"Je vous ai compris", lance le Général lors du discours d'Alger :
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Les « événements d’Algérie » sur l’antenne d’Europe numéro 1, du fameux « je vous ai compris » au départ des rapatriés.
"Allié mais pas vassal"
Le 7 mars 1966, le général de Gaulle adresse un courte missive à son homologue américain, le président Lyndon Johnson. Ces quelques lignes font l’effet d’une bombe stratégique dans tout le monde occidental : la lettre annonce le retrait français du commandement de l’OTAN et exige le départ des troupes américaines stationnées en France depuis 1945. Décision justifiée par un impératif de souveraineté nationale. "La France, écrit le Général, se propose de recouvrer sur son territoire l'entier exercice de sa souveraineté actuellement entamé par la présence permanente d'éléments militaires alliés ou par l'utilisation habituelle qui est faite de son ciel".
La France ne quittera pas l’Alliance atlantique, dont elle est l’un des membres fondateurs, mais elle décidera au cas par cas de ses engagements dans l’OTAN. Le principe de cette politique se résume dans une formule choc : "Allié mais pas vassal".Un objectif auquel De Gaulle tend depuis les frictions des années 50 avec Washington autour de la question coloniale.
Les Etats-Unis refusent alors d’augmenter leur aide militaire au corps expéditionnaire français en Indochine, puis ils imposent l’arrêt de l’expédition de Suez en 1956, ce qui finit de convaincre le Général que les intérêts de la France ne coïncident pas toujours avec ceux de la première puissance occidentale. Dès lors, il n’aura de cesse de bâtir une défense indépendante s’appuyant sur la dissuasion nucléaire. Ce parapluie nucléaire autonome lui donnera les moyens de cette stratégie.